Préambule
Le protéome se définit comme l'ensemble des protéines codées par un génome. La protéomique offre la possibilité nouvelle d'identifier et de quantifier les protéines exprimées par une cellule à un moment donné, dans un tissu donné et un environnement donné, à divers états de développement, dans des contextes physiologiques et pathologiques variés. Un organisme possède donc une très grande diversité de protéomes alors qu'il ne renferme qu'un seul génome. C'est une différence fondamentale entre protéome et génome qui doit conduire à une approche réaliste de l'analyse protéomique.
L'analyse protéomique est un outil extraordinairement puissant qui peut être utilisé dans de très nombreux domaines, tant au niveau d'études fondamentales qu'au niveau d'études appliquées en particulier en biologie végétale et pour l'agriculture et l'agro-alimentaire. Le but de cette approche holistique consiste à avoir une vision plus globale et donc plus juste du fonctionnement de la cellule. Cependant, une approche de type protéomique ne désigne aujourd'hui plus seulement des travaux visant à caractériser le protéome d'une cellule ou d'un tissu, mais plutôt une étude utilisant les outils de la protéomique (électrophorèse, chromatographie et spectrométrie de masse) dans le but de réaliser une analyse systématique des protéines contenues dans un échantillon plus ou moins complexe ; on parle ainsi d'approche protéomique pour des études qui visent à caractériser les protéines d'un compartiment subcellulaire, les constituants d'un complexe multi-protéique ou encore les acteurs protéiques d'une voie de signalisation.
L'électrophorèse en conditions dénaturantes ou SDS-PAGE (Sodium dodecyl sulphate - Poly Acrylamide Gel Elctrophoresis) a été mise au point par Laemmli en 1970 où la séparation des molécules se fait à pH 8,8 en présence d'un détergent, le Sodium-Dodecyl-Sulfate (SDS) qui masque la charge des protéines par sa propre charge négative et permet la migration des protéines uniquement selon leurs poids moléculaires. Cette technique permet de déterminer le nombre de sous-unités d'une protéine, d'obtenir des informations assez fiables sur la masse moléculaire, et d'évaluer son degré de purification.
But du TP
Initiation à la mise en place d'une stratégie protéomique au niveau du laboratoire, en allant du matériel biologique jusqu'à sa caractérisation par la technique d'électrophorèse en conditions dénaturantes sur gel de polyacrylamide (SDS-PAGE).