Les micro-organismes établissent des relations étroites avec les êtres vivants. Seule une très faible proportion de ces micro-organsimes associés à l'homme ou aux animaux est capable de produire chez eux des effets pathologiques ou une maladie infectieuse. Il existe différents agents infectieux classés dans différentes catégories : les bactéries, les virus, les champignons et les parasites. Tous ces micro-organismes n’ont pas les mêmes capacités à provoquer des infections, certains étant pratiquement toujours associés à des manifestations cliniques alors que d’autres ne provoquent qu’exceptionnellement des maladies.
Ce cours est structuré en quatre grands chapitres : typologie des infections, les infections bactériennes et les infections virales et les zoonoses.
Ce cours s’adresse aux étudiants de master 1 Hygiène hospitalière et santé (HHS). C’est une matière de l’unité d’enseignement fondamentale, intitulée Microbiologie et infections nosocomiales.
A l’issue de ce cours, l’apprenant sera capable de :
- Déterminer les principaux types d’agents infectieux responsables des infections nosocomiales ;
- Identifier les facteurs de virulence attribués à chaque agent pathogène ;
- Décrire la pathogenèse de l’infection ;
- Connaître l’évolution de certaines maladies infectieuses ;
- Comprendre les mécanismes de transmission des infections bactériennes et virales.

Ce cours s’articule autour des molécules microbiennes et leurs applications, portant principalement sur la diversité des métabolites secondaires d’origine microbienne (antibiotiques, peptides antimicrobiens, polysaccharides, toxines, etc.) et sur le criblage et la valorisation de ces composés.
Il est destiné aux étudiants de Master biotechnologie et biothérapie.

La matière baptisée Microbiologie de l’Environnement assurée par moi-même est destinée aux étudiants du Master 1 de la spécialité ; Biotechnologie et Biothérapie.
Le contenu de cette matière est riche et diversifié s’articulant, principalement, sur plusieurs thèmes en relation avec les microorganismes dans leur milieu naturel. En effet, les chapitres abordés ici sont :
1- Notion de l’écosystème et le rôle des microorganismes ;
2- Les cycles biogéochimiques : cycle de carbone et la production primaire ; cycle de l’azote et la matière organique quaternaire, etc. ;
3- L’écosystème aquatique et les microorganismes (le milieu aquatique profond et la biologie marine, le milieu aquatique à écoulement, traitement des eaux potables et contrôle qualité, les eaux usées ; pollution et dépollution.
4- L’écosystème terrestre et la microbiologie du sol ;
5- Microbiologie de l’air et la transmission des microorganismes ;
6- Microbiologie du tube digestif chez les ruminants et chez l’homme.
Au terme de cet enseignement l’étudiant acquiert un cumul du savoir en relation avec le rôle des microorganismes dans la biosphère, leur effet bénéfique et néfaste et les méthodes d’en prévenir.