La microbiologie du sol est l'une des branches de l'écologie microbienne qui a essentiellement pour objectif l'étude du rôle des micro-organismes dans le sous-écosystème constitué par le sol, la microflore, la faune du sol et les plantes. Les micro-organismes du sol y jouent deux rôles essentiels : d'une part, ils sont responsables de maintes transformations chimiques et même physiques qui se déroulent dans les sols ; d'autre part, ils agissent directement ou indirectement sur la nutrition des plantes. En fait, il existe tout un réseau d'interactions complexes entre les micro-organismes du sol, les plantes et la faune du sol. (bactéries et champignons filamenteux).
Le cours est scindé en un ensemble d’unités d’apprentissage qui permet aux étudiants d’acquérir des connaissances de base en microbiologie des sols à savoir :
les principaux groupes des microorganismes telluriques et leur rôle, les interactions entre les microorganismes du sol et la plante et de maîtriser les techniques d’isolement, dénombrement et identification de des microorganismes qui vivent dans le sol.
Ce cours est destiné aux étudiants de la 3ème année Licence Microbiologie appliquée.