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La première partie du cours (en partie donnée en cours présentiel) explique comment la configuration électronique, l'électronégativité des atomes influent leurs comportements dans l'édification de liaisons entre eux ou avec d'autres atomes pour former des molécules (des minéraux, dans notre cas). Ces comportements permettent de comprendre la formation de concentrations minérales particulières dans un environnement géologique et de là comprendre la formation des gisements qui dépendent également de conditions physico-chimiques spécifiques.

La deuxième partie s'intéresse à l'interaction milieux aqueux - roche et explique dans un système à deux ou plusieurs constituants, comment, à une température donné, des paramètres tel que le PH, le Eh, la fugacité en oxygène, en CO2, en soufre, influent sur les domaines de stabilité des minéraux. Les exercices proposés permettent à l'étudiant de se familiariser avec les diagrammes thermodynamiques et ainsi par la suite à d'autres systèmes géochimiques,y compris des milieux profonds.
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