La protéomique consiste à étudier l’ensemble des protéines d’un organisme, d’un fluide biologique, d’un organe, d’une cellule ou même d’un compartiment cellulaire. Cet ensemble de protéines est nommé « protéome ».
Il existe différents types d’analyse protéomique, toute fois, On peut distinguer de deux grands types : la protéomique descriptive et la protéomique fonctionnelle. Dans le premier cas, celui de la protéomique descriptive, la protéomique s'attache à identifier les protéines extraites d'une culture cellulaire, d'un tissu ou d'un fluide biologique, leur localisation dans les compartiments cellulaires, leurs modifications post-traductionnelles. Elle peut également permettre de quantifier les variations de leur taux d'expression en fonction du temps, de leur environnement, de leur état de développement, de leur état physiologique et pathologique, de l'espèce d'origine.
La protéomique fonctionnelle étudie les fonctions de chaque protéine, et les molécules qui au sein de la cellule s’associent aux protéines d’intérêt ; elle met en évidence, également, les différentes modifications structurales responsable des modifications d’activité. dans la matière protéomique destinée aux étudiants de M1 en technologie alimentaire les étapes de l'étude protéomique appliquées en agro-alimentaire sont traitées