La microbiologie alimentaire s’intéresse aux mécanismes par lesquels les micro-organismes produisent des changements utiles ou nuisibles dans les aliments. La fabrication d'un grand nombre de produits alimentaires s'appuie sur le métabolisme de micro-organismes, que l'on peut regrouper sous le terme de microflore positive. Celle-ci intervient dans l'élaboration de certains aliments par fermentation et/ou contribution au processus d'affinage. Parallèlement à la flore microbienne positive, la microbiologie alimentaire s'intéresse aussi à la flore dite d'altération, qui correspond aux micro-organismes détériorant les produits alimentaires sans nécessairement avoir une incidence sur la santé du consommateur. Il existe, également, une microflore transmise à l'homme par les aliments qui est à l'origine de maladies infectieuses, c’est la flore pathogène.